Cele reformy:

• Rozdzielenie kompetencji w zakresie inwestycji i utrzymania infrastruktury wodnej od funkcji administracyjnych i planistycznych.
• Zmniejszy się liczby organów i urzędów z 15 (8 urzędów żeglugi śródlądowej i 7 regionalnych zarządów gospodarki wodnej) do 6 urzędów gospodarki wodnej (administracji rządowej) i 2 państwowych osób prawnych: Zarządu Dorzecza Wisły i Zarządu Dorzecza Odry. W każdym urzędzie gospodarki wodnej będzie funkcjonował pion odpowiedzialny za realizację zadań w sektorze żeglugi śródlądowej.  Jednym z wielu zadań wykonywanych przez urząd gospodarki wodnej będzie wydawanie pozwoleń wodnoprawnych, z wyłączeniem pozwoleń wydawanych przez starostę.
• Uporządkowanie kompetencji utrzymaniowych i inwestycyjnych poprzez jednoznaczne przypisanie rzek do konkretnych gospodarzy. Rzeki duże, o znaczeniu ogólnokrajowym, pełniące rolę dróg wodnych, rzeki graniczne będą utrzymywane odpowiednio przez zarządy dorzeczy Odry i Wisły. Rzeki pozostałe, mniejsze o znaczeniu regionalnym lub lokalnym będą przypisane marszałkom województw, w imieniu których ich utrzymaniem zajmować się będą wojewódzkie zarządy melioracji i urządzeń wodnych.
• Powstanie racjonalnego, spójnego i efektywnego systemu finansowania gospodarki wodnej. Opartego na istniejących opłatach za korzystanie ze środowiska tak aby pieniądze z wody zostawały w wodzie. Działalność Zarządów Dorzeczy i marszałków województw (WZMiUW) będą finansowane z opłat za pobór wód, które obecnie stanowią przychód Narodowego i wojewódzkich funduszy ochrony środowiska i gospodarki wodnej.
• Pełna realizację zlewniowej polityki gospodarowania wodami. Dzięki zmianom organizacyjnym administracji wodnej będzie możliwe realizowanie polityki zlewniowej i wypełnianie kryteriów: funkcjonalności, bezpieczeństwa, zrównoważonego rozwoju, efektywności ekonomicznej, trwałości ekosystemów i akceptacji społecznej przy planowaniu strategicznym i administrowaniu zasobami wody w Polsce.