Obowiązująca obecnie ustawa z dnia 18 lipca 2001 r. – Prawo wodne (tj. Dz. U. z 2015 r., poz. 469 ze zm., dalej: „Prawo wodne”), wśród organów właściwych w zakresie gospodarowania wodami wymienia organy administracji rządowej i samorządowej. I tak art. 4 ust. 1 Prawa wodnego w grupie organów administracji rządowej wskazuje ministra właściwego do spraw gospodarki wodnej (obecnie minister  środowiska), prezesa Krajowego Zarządu Gospodarki Wodnej (dalej: „KZGW”), dyrektora regionalnego zarządu gospodarki wodnej oraz wojewodę. Ponadto do grona organów właściwych do gospodarowania wodami ustawodawca zalicza organy jednostek samorządu terytorialnego. Wśród nich wyróżnić należy marszałka województwa jako organ reprezentujący samorząd województwa, starostę jako organ reprezentujący powiat, a także wójta, burmistrza i prezydenta miasta jako organy reprezentujące gminę lub miasto.

Projekt nowej ustawy Prawo wodne w istotny sposób modyfikuje dotychczasową strukturę organów właściwych w sprawach gospodarowania wodami. Mianowicie planowane jest zniesienie funkcjonujących obecnie organów w postaci prezesa KZGW oraz 7 dyrektorów regionalnych zarządów gospodarki wodnej. W świetle projektu nowej ustawy Prawo wodne, wyżej wymienione organy mają zastąpić właściwe organy Państwowego Gospodarstwa Wodnego Wody Polskie (dalej: „Wody Polskie”). Mowa tutaj o prezesie Wód Polskich oraz dyrektorach regionalnego zarządu gospodarki wodnej Wody Polskie. Ponadto, katalog organów właściwych w sprawach gospodarowania wodami ma uzupełnić dyrektor zarządu zlewni Wody Polskie oraz kierownik nadzoru wodnego Wody Polskie. Co istotne, już od 1 stycznia 2017 r. Wody Polskie mają wykonywać zadania prezesa KZGW, dyrektorów regionalnych zarządów gospodarki wodnej oraz marszałków województw związane z utrzymaniem wód oraz pozostałego mienia Skarbu Państwa związanego z gospodarką wodną. Podobna sytuacja dotyczy także zadań związanych z inwestycjami w gospodarce wodnej.

Uzasadnienie zmian
Jak wskazują projektodawcy nowego Prawa wodnego, tego rodzaju zmiany są konieczne z uwagi na potrzebę zapewnienia „realnej i efektywnej władzy wodnej i wpływu ministra właściwego do spraw gospodarki wodnej oraz podległych mu organów na wszystkie decyzje dotyczące gospodarki wodnej, w tym w szczególności planowania w gospodarowaniu wodami, ochrony wód oraz system zgód wodnoprawnych”¹. Zdaniem przedstawicieli Ministerstwa Środowiska za wprowadzeniem tych zmian przemawiają m.in doświadczenia nabyte w 2010 i 2011 r. podczas prowadzenia akcji powodziowych, jak i usuwania ich skutków. W praktyce ujawniły one problemy z funkcjonowaniem zasady jednolitego traktowania zasobów wód oraz ustaleniem podmiotu odpowiedzialnego za stan wód oraz urządzeń wodnych, a w szczególności budowli przeciwpowodziowych. Aktualnie obowiązująca ustawa Prawo wodne dopuszcza bowiem możliwość wykonywania praw właścicielskich do jednego cieku naturalnego przez różne organy administracji rządowej i samorządowej – prezesa KZGW i marszałka województwa. Ponadto projektodawcy Prawa wodnego wskazują, że aktualne przepisy w niewystarczającym stopniu regulują kwestie wykonywania praw właścicielskich w stosunku do urządzeń wodnych stanowiących własność Skarbu Państwa, a w szczególności do budowli przeciwpowodziowych². Rozwiązaniem tego problemu ma być centralizacja zadań w ramach jednego podmiotu – Wód Polskich. Zdaniem Ministerstwa Środowiska doprowadzi do usprawnienia zarządzania, a tym samym polepszy stan infrastruktury i ograniczy zagrożenie powodziowe³.