Celem kontroli NIK była ocena prawidłowości i skuteczności działań Inspekcji Ochrony Środowiska przy badaniu jakości wód rzek oraz w celu poprawy ich stanu ekologicznego i chemicznego.

Jakość wód w polskich rzekach nie jest zadowalająca. Z ocenionych w 2016 r. 1630 jednolitych części wód powierzchniowych rzek (JCWP), czyli rzek podzielonych na części ze względu na ich specyfikę, wynika, że tylko 178 części rzek (blisko 11 proc.) osiągnęło stan dobry, a pozostałe 1452 części (ponad 89 proc.) oceniono jako stan zły.

Pomimo zrealizowania w 100 proc. planu wskazanego w wojewódzkich programach, wykonany monitoring był niepełny. Z założenia dopuszczano możliwość częściowego wykonania zadań. Główny Inspektor Ochrony Środowiska akceptował nieuwzględnianie w wojewódzkich programach monitoringu środowiska pełnego zakresu monitoringu rzek i dopuszczał brak sporządzenia kompletnej oceny stanu jednolitych części wód rzek. Powodowało to ryzyko, iż podejmowane w oparciu o niepełne dane decyzje organów administracji dotyczące ochrony wód, były niewystarczające.

Jedną z przyczyn tej sytuacji były ograniczone fundusze Inspekcji Ochrony Środowiska. Prowadzony monitoring dostosowywano do wysokości środków finansowych otrzymywanych z budżetu państwa oraz z krajowych funduszy ekologicznych, zamiast do rzeczywistych potrzeb. NIK ocenia negatywnie istniejący model finansowania zadań monitoringu rzek wymagający corocznego aplikowania przez wojewódzkich inspektorów do krajowych funduszy ekologicznych, z niepewnym skutkiem, o środki na ten cel. To rozwiązanie nie sprzyja wykonaniu pełnych badań i ocenie wód w rzekach w sposób określony wymogami prawa krajowego i zobowiązaniami wspólnotowymi Polski. NIK zauważa, że organy Inspekcji Ochrony Środowiska pracują w oparciu o zadania rozpisane na lata, a o fundusze potrzebne do ich zrealizowania muszą starać się co roku. W ten sposób nie ma finansowego zabezpieczenia realizacji kontynuowanych zadań.